Έχοντας ενεργοποιήσει (διαχειριστικά) το εργαλείο ελέγχου ταυτότητας δύο παραγόντων, μπορούμε προγραμματικά να εισάγουμε τον έλεγχο 2FA, σε περισσότερες λειτουργίες της εφαρμογής. Για να το κάνουμε τοποθετούμε στη φόρμα που δημιουργούμε τον παρακάτω κώδικα:

$tool_content .= showSecondFactorChallenge();

και κατα το έλεγχο των δεδομένων που έγιναν submit το παρακάτω:

checkSecondFactorChallenge();

Ο αλγόριθμος θα αναγνωρίσει αυτόματα εάν είναι ενεργοποιημένο το 2FA για την εφαρμογή και για τον χρήστη αντίστοιχα.