Κατά την εγκατάσταση του eClass δημιουργείται ο κεντρικός κατάλογος και διάφοροι υποκατάλογοι.

Οι ρυθμίσεις σύνδεσης της πλατφόρμας με τη βάση δεδομένων αποθηκεύονται στον κατάλογο config και ειδικότερα στο αρχείο config.php. Τα δεδομένα των μαθημάτων της πλατφόρμας αποθηκεύονται στους καταλόγους courses και video. Ειδικότερα

• Τα μαθήματα που δημιουργούνται αποθηκεύονται στον κατάλογο courses. Για κάθε μάθημα δημιουργείται ένας κατάλογος με όνομα τον κωδικό του μαθήματος.
• Τα βίντεο που αντιστοιχούν στα μαθήματα αποθηκεύονται στον κατάλογο video. Όμοια για κάθε μάθημα δημιουργείται ένας κατάλογος με όνομα τον κωδικό του μαθήματος.

Στους παραπάνω καταλόγους (δηλαδή courses, video, config) ο web server χρειάζεται να έχει δικαιώματα read / write. Γενικά ο προγραμματιστής δεν χρειάζεται να ασχοληθεί με αυτούς.

Η λειτουργία της πλατφόρμας βρίσκεται στους υπόλοιπους καταλόγους. Επιγραμματικά:

• Ο κατάλογος include περιέχει διάφορες βιβλιοθήκες που χρησιμοποιούνται στη λειτουργία διάφορων υποσυστημάτων.
• Ο κατάλογος info περιέχει τα scripts που εμφανίζουν πληροφορίες για την πλατφόρμα (manuals, contact, license κ.λπ.)
• Ο κατάλογος lang περιέχει τα μηνύματα της πλατφόρμας σε διάφορες γλώσσες.
• Ο κατάλογος js περιέχει όλα scripts της javascript και μερικές εξωτερικές βιβλιοθήκες.
• Ο κατάλογος upgrade περιέχει τα scripts αναβάθμισης.
• Ο κατάλογος install περιέχει τα scripts εγκατάστασης.
• Ο κατάλογος template περιέχει τα themes και τα style sheets που χρησιμοποιεί η πλατφόρμα.
• Ο κατάλογος modules περιέχει διάφορους υποκαταλόγους. Ο καθένας από αυτούς αντιστοιχεί σε ένα υποσύστημα. Ειδικότερα:
  • announcements αντιστοιχεί στο υποσύστημα ανακοινώσεις
  • agenda αντιστοιχεί στο υποσύστημα ατζέντα.
  • exercise αντιστοιχεί στο υποσύστημα ασκήσεις
  • Τα διαχειριστικά εργαλεία είναι στον κατάλογο admin.
  • Οι κλάσεις για τη σύνδεση με τη βάση δεδομένων βρίσκονται στον κατάλογο db
  • Το σύστημα βοήθειας είναι στον κατάλογο help
  • Η αναζήτηση είναι στον κατάλογο search
  • Τα στατιστικά είναι στον κατάλογο usage

Σημαντικά αρχεία στον καταλόγο include είναι:

• init.php. Το βασικό αρχείο που κάνει όλους τους απαραίτητους ελέγχους ασφάλειας σε όλες τις λειτουργίες του eClass. Ο προγραμματιστής γενικά δεν ασχολείται με αυτό πάρα μόνο αν υπάρχει σοβαρός λόγος. (π.χ. προσθήκη νέου υποσυστήματος)
• baseTheme.php. Το βασικό αρχείο που καλεί το template engine, την init.php και σχηματίζει τις οθόνες του eClass. Ο προγραμματιστής γενικά δεν ασχολείται με αυτό πάρα μόνο αν υπάρχει σοβαρός λόγος.
• tools.php Σχηματίζει τα μενού αριστερά. Ο προγραμματιστής ασχολείεται με αυτό μόνο όταν θέλει να αλλάξει τα μενού.
• main_lib.php. Αποτελεί μια βιβλιοθήκη χρήσιμων συναρτήσεων που χρησιμοποιούνται σε πολλά σημεία του eClass. Ο προγραμματιστής χρειάζεται να ανατρέχει σε αυτό για να αναζητά τυχόν έτοιμες συναρτήσεις.